AS "LatRailNet" lēmumu par publiskās lietošanas dzelzceļa infrastruktūras maksu un jaudas sadali pieņem, ievērojot vienlīdzības principu, kā arī optimālas dzelzceļa infrastruktūras izmantošanas prasības. AS "LatRailNet", veicot savas funkcijas, ir pienākums nodrošināt visiem pārvadātājiem vienlīdzīgas, taisnīgas un nediskriminējošas piekļuves iespējas dzelzceļa infrastruktūrai.
AS "LatRailNet" izstrādā neatkarības prasību programmu, kurā noteikti konkrētu darbinieku pienākumi un pasākumi, kas tiek veikti, lai nepieļautu nevienlīdzīgu attieksmi pret pārvadātājiem, un nodrošina pienācīgu kontroli pār tās ievērošanu, savukārt Valsts dzelzceļa administrācija uzrauga neatkarības prasību ievērošanu un izskata pārvadātāju sūdzības par šo neatkarības prasību pārkāpumiem.
AS "LatRailNet" neatkarības prasību programma paredz arī kontroles pasākumus par būtisko funkciju kvalitatīvo parametru vērtēšanu. AS "LatRailNet", sastādot šo programmu, risku identificēšanai ar ekspertu metodi vērtē iekšējos un ārējos vides faktorus:
- iekšējie faktori: darbinieki, uzņēmuma struktūra, informācijas sistēmas, sakaru un telekomunikāciju līdzekļi, finansējums, pilnvarojums (ar kuru regulē attiecības ar trešajām personām), zināšanas un kvalifikācija;
- ārējie faktori: tiesību aktu prasības, ieinteresēto personu ietekme un darbība, ekonomiskais stāvoklis.
AS "LatRailNet" nodrošina nepārtrauktu iekšējās kontroles dokumentu pilnveidi, pieskaņojot to izmaiņām tiesību aktu prasībās, nozares attīstībai un tās darbības mērķiem.